【摘 要】
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目的利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库中宫颈癌的相关数据,研究人乳头瘤病毒(HPV)阳性宫颈癌人群与HPV阴性宫颈癌人群的基质金属蛋白酶(MMP)家族相关免疫基因的变化。方法从TC
【机 构】
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温州医科大学第三临床学院（温州市人民医院）妇产科,温州市中医院肿瘤科,温州医科大学附属第二医院妇科
【基金项目】
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浙江省自然科学基金(LY16C120001)
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目的利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库中宫颈癌的相关数据,研究人乳头瘤病毒(HPV)阳性宫颈癌人群与HPV阴性宫颈癌人群的基质金属蛋白酶(MMP)家族相关免疫基因的变化。方法从TCGA数据库中收集宫颈癌患者137例及相关数据信息,分为HPV阴性宫颈癌组和HPV阳性宫颈癌组。利用Edge R计算分析所有样本的转录组测序(RNA-Seq)数据,寻找两组之间差异表达的基因;并利用基因本体(GO)对表达差异的基因进行生物功能富集分析;利用RNA-Seq及拷贝数变异等数据,对MMP家族相关免疫基因进行分析;利用Kaplan-Meier分析评估MMP家族免疫特征基因对患者总生存期和无进展生存期的影响。结果通过Edge R计算分析发现,两组之间有2 368个基因的表达差异有统计学意义(P<0.01);其中有823个基因表达上调,1 545个基因表达下调。通过GO进行功能富集分析发现,表达上调的差异基因主要富集在免疫反应通路上。MMP家族3个免疫基因的变化在拷贝数变异和mRNA表达上相关联,当基因的拷贝数扩增时,mRNA表达相应上调,反之亦然。MMP-1、MMP-3、MMP-13基因对HPV宫颈癌患者的总生存期和无进展生存期均无明显影响。结论与HPV阴性宫颈癌患者相比,HPV阳性宫颈癌患者中有大量差异表达的基因,表达上调的基因主要富集在免疫通路上,其中免疫基因MMP-1、MMP-3、MMP-13的mRNA表达与拷贝数变异类型相关联;有多种免疫通路上的基因都会影响MMPs家族免疫基因的改变,从而诱发癌症。
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