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以普通烟草(Nicotiana tabacum)为母本,非洲烟草(N.africana)为父本进行远缘杂交,在子代中孤雌应激可获得母本起源的单倍体。为解决实际应用中存在的单倍体诱导频率偏低、鉴别困难等问题,采用流式细胞术(Flow cytometry,FCM),鉴别了不同授粉时期、套袋方法条件下杂交子代中的单倍体。结果表明,FCM能够在苗期准确、快速鉴别母本起源的单倍体,排除二倍体、混倍体对试验的干扰。采用纸管法套袋,非单倍体的烟苗存活率为0.24%,而常规纸袋法套袋的非单倍体烟苗存活率为1.56%,纸管法非单倍体的烟苗存活率明显低于常规纸袋法,说明纸管法套袋可提高单倍体的鉴定效率。当母本花冠长度与萼片长度差(SCD)为2.5 cm时,是进行非洲烟草杂交、预防混杂的适宜时期。因此,在SCD为2.5 cm时进行授粉,用纸管法套袋,利用FCM分析后代倍性,是获取母本起源单倍体的最佳方法。