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介绍了多深度深海浮游微生物浓缩取样器的工作原理，确定了由便携式输入装置和主控制器构成的控制系统结构。输入装置采用单片机作为微控制器．通过键盘输入实现设定取样器的取样水深数据。主控制器也采用单片机作为微控制器，用于实现取样器的自主控制取样。详细介绍了输入装置和主控制器的硬件构成和软件设计思路。给出了两种提高取样器控制系统工作可靠性的设计方案。实验表明，本文设计的控制系统结构合理，性能可靠，能够实现设定的控制要求。