特有植物短丝木犀(Osmanthus serrulatus)转录组微卫星特征分析

• 作 者: 陈林 李龙娜 杨国栋 戴亚平
• 机 构: 南京林业大学南方现代林业协同创新中心,南京林业大学生物与环境学院,南京农业大学农业生物学虚拟仿真实验教学中心
• 出 处: 分子植物育种
• 发表日期: 2016年4期
• 关键词: 短丝木犀 特有植物 微卫星 SSR 转录组测序 Osmanthus 碱基 测序 重复次数 引物

利用MISA软件对短丝木犀花和叶芽转录组测序得到的92 798条独立基因(unigenes)进行SSR位点查找和分析,共搜索到11 881个SSR位点,除单碱基重复外,SSR出现频率为4.64%,分布密度为1/15.02 kb。二碱基和三碱基重复为短丝木犀SSR主要重复单元类型,分布占SSR总数的66.35%和30.42%。其中AG/CT和AAG/CTT分别为二碱基和三碱基重复单元的优势重复基元,分别占各自重复单元的63.21%、30.38%。短丝木犀SSR多为重复长度小于20 bp的短序列,长度大于20