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目的：研究并对比关节镜手术与开放手术治疗腘窝囊肿的临床疗效。方法：于2012年1月～2015年12月，选取该阶段内在我院进行手术治疗的107例腘窝囊肿患者作为此次研究的对象，采取计算机随机分组方法将这107例患者分为2组，对照组51例患者实施开放手术，观察组56例患者实施关节镜手术。2组患者就手术时间、术中出血量、术后住院时间以及并发症发生率进行比较，并在手术后对患者进行为期6个月的随访，观察2组患者的疗效和复发情况。结果：2组患者的手术时间比较无明显差异（P＞0．05），但观察组在术中出血量、术后住院时间方面均更具有优势（P＜0．05）。观察组的并发症发生率为3．57％，较之对照组的15．69％明显更低（ P＜0．05）。随访发现，观察组的临床总有效率为89．29％，较之对照组的74．51％明显更高（P＜0．05）。观察组术后未出现复发，对照组的术后复发率为7．84％，差异具有统计学意义（P＜0．05）。结论：在腘窝囊肿的临床治疗中，实施关节镜手术治疗的疗效优于开放手术，关节镜手术可有效减轻患者术中及术后痛苦，且能减少术后复发，预后良好。