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随着“双一流”建设的全面推进,高校发展整体取得了长足进步,但仍然面临着学科布局不合理、校院两级运行机制改革不深入以及基层学术组织活力不足等现实问题。其根本原因在于现有的高校内部治理结构及内控制度中不合理的设计安排,严重制约了高校建设“一流大学”和“一流学科”的进程。本文拟从内部治理结构和内控制度的嵌合关系入手,提出完善高校内部治理结构和内控制度的有效措施,从而助推高校的双一流建设进程。