黄姑鱼转录组SSR的开发与验证

• 作 者: 龚诗琦 王志勇 肖世俊 林爱强 谢仰杰
• 机 构: 集美大学水产学院,农业部东海海水健康养殖重点实验室
• 出 处: 集美大学学报(自然科学版)
• 发表日期: 2016年4期
• 关键词: 黄姑鱼 微卫星 标记 转录组 测序 yellow drum （Nibea albiflora） SSR loci transcriptome seque

利用MISA软件对黄姑鱼转录组测序数据进行分析，共检索到微卫星（simple sequence repeats，SSR）位点12254个，其中单碱基、二碱基、三碱基重复分别约占42．70％、32．11％、23．44％，四碱基、五碱基、六碱基重复仅分别约占1．60％、0．09％、0．06％。随机选出80个二至六碱基重复来设计PCR引物，有38对引物通过扩增可获得目的条带。利用南海海区野生黄姑鱼样本对其中的18个具有多态性的SSR位点进行扩增效果验证和评价，结果显示：18个SSR的平均等位基因数为7．67，平