【摘 要】
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目的以GEO数据库中GSE6476系列芯片数据为分析对象,结合生物信息学方法分析氟西汀长期作用下抑郁小鼠海马相关基因的表达情况。方法利用R语言与Bioconductor、DAVID、STRING
【机 构】
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山西医科大学生理学系,山西医科大学细胞生理学教育部重点实验室,山西医科大学第一医院精神科,山西医科大学基础医学院解剖教研室
【基金项目】
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山西医科大学青年基金资助项目(02201608);国家自然科学基金资助项目(81371254)
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目的以GEO数据库中GSE6476系列芯片数据为分析对象,结合生物信息学方法分析氟西汀长期作用下抑郁小鼠海马相关基因的表达情况。方法利用R语言与Bioconductor、DAVID、STRING、Uniprot等方法对差异基因进行了筛选和分析。结果得到144个差异基因,其中上调基因111个,下调基因33个(log FC>1,P<0.05)。经GO分析发现这些差异基因中有14个参与生物过程(BP),16个参与细胞组成(CC),9个参与分子功能(MF)。Pathway通路分析发现,差异基因主要集中在甘油酯代谢、N-聚糖的生物合成、精氨酸和脯氨酸代谢途径、花生四烯酸代谢、甘油磷脂代谢、氧化磷酸化等通路,进一步分析,78个差异基因的蛋白产物间存在相互作用,并筛选到Vim、Bdnf、Npy、Gfap、Penk、Fosb、Cd44、Timp1、Lgals1等核心基因,这些基因在神经肽信号通路、女性妊娠、树突和神经发育等生物功能中充当了重要的角色。结论氟西汀长期作用前后抑郁小鼠海马基因表达有较大差异性,通过核心基因的筛选为揭示抑郁症的基因靶向治疗指导提供了重要的理论基础。
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