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藏东高原地区环境特殊，生态环境对外界干扰具有极强的敏感性，加之生态系统内部结构相对简单，自我调节和恢复能力弱，使该区的生态环境表现出极大的脆弱性，任何不合理的干扰行为，都会引起生态环境质量的负向演替。在灌区建设、营运过程中，要处理好这一问题，除了采用必要的措施管理、维护好现有的灌溉工程外，在新灌区的规划设计、施工等方面的工作思路上应有所突破。