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不同于基因组学，蛋白组学（proteomics)研究的对象是细胞或组织表达的全体蛋白质，而蛋白质是生物学功能的直接行使者，因此，蛋白组（proteome)比基因组（genome) 或转录组transcriptome)更直观，更准确地反映细胞的生物和病理状态，功能基因组学时代的来临促进了蛋白组学技术加技术发展，但是，蛋白组学研究也存在着一些技术难题，例如膜蛋白及低丰度蛋白的抽提，分离和鉴定，这些技术难题如果不能解决，必将成为蛋白组技术的“瓶颈”，严重障碍其发展和完善。