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南京军区南京总医院中医科创建于1961年，2004年更名为中西医结合科（风湿免疫专科）。2004年被南京市人民政府和军分区联合表彰为“双拥共建”先进集体，2005年荣获全军中医药工作先进单位，2006年成为南京军区中西医结合中心，2007年被批准为国家中医药管理局中西医结合风湿病重点专病建设项目，连续多年被医院评为基层建设先进单位。2008年度创收超过千万，逐年实现“上了台阶，再上台阶”的目标。