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海峡经济区是在全球化和区域经济一体化快速发展的背景下海峡两岸经济整合的必然结果。福建是海峡经济区西岸部分的核心区和主要建设者。福建区域创新体系是海峡经济区西岸部分发展最重要的能力因素。但是,海峡经济区的战略构想彰显当前福建区域创新体系的弱点。为了促进海峡经济区西岸部分乃至整个海峡经济区的发展,必须寻求支撑福建区域创新的有效结构与过程,以期对区域创新体系产生重大而持久的改善。