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运用生态系统组合模型，对2005-2009年漓江流域生态系统的生态供需状态、生态资源利用效率、生态系统多样性与发展能力进行了计算。结果表明：近年来，漓江流域流经市县生态赤字现象严重（除市区外）；万元GDP生态足迹呈现小幅度上升，资源利用效率不高；生态系统多样性不足，经济系统发展能力不高。针对实证结果，提出保护上游水源林、建设生态防洪补水工程、完善污水处理设施、创造合作型生态经济发展模式、建立生态补偿与旅游经济互动发展机制等措施来保护漓江流域，从而实现其“社会-经济-自然”复合生态系统的可持续发展。