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滇池水华的规模大，持续时间长。水华的主要种类是蓝藻门的微囊藻属，其中以铜绿微囊藻占绝对优势。每年４～１１月为水华发生期，常在外草海南部、海埂、灰湾一带形成大面积水华，盛时可遍及全湖，水体表层藻类叶绿素含量高达５０００ｍｇ／ｍ３。滇池水体中高含量的Ｎ和Ｐ营养物在水华的形成中起着关键作用，适宜的温度及充足的光照为水华的频发提供了有利条件，并且随着滇池富营养化的加剧及水温逐年升高，将促使水华暴发日趋严重