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依据蛋白质序列、蛋白质空间结构、基因本体(GeneOntology)注释、文献挖掘、网络比对及基因组信息将蛋白质相互作用预测方法分为六类,阐述并评价了各种方法的研究进展.从网络建模与挖掘两个角度探讨了相互作用网络预测方法.还概述了与之密切相关的问题:位点预测、转录因子间相互作用预测及数据库评价,指出了研究中存在的问题和发展方向.