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菰属（Zizania Trucz.）为水稻的近缘属,保留了大量驯化作物所丢失的优异性状,是扩大和丰富育种基因库的理想材料。从24对菰SSR分子标记中筛选出7对标记,对来自东北三省的5个居群,共计98个野生菰样本进行了遗传多样性和遗传结构分析。同时,详细阐述了POPGENE、STRUCTURE、ARLEQUIN、MEGA及MVSP等统计分析软件的数据录入格式、软件操作方法,为相关领域的研究者提供完整可操作的参考依据。各软件分析结果表明：东北地区野生菰具有较为丰富的遗传多样性（PPB=71.88%、Ao=1.