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亥姆霍兹的哲学思想经历了从拥护康德的认识论和形而上学逐步走向经验主义而强烈反对形而上学的过程。受到康德的影响，他最初把物质和力视为本体论意义上的实体并且认为能够从形而上学上加以证明，后来在法拉第等英国物理学家、费希特行动哲学以及其他因素影响下，逐渐踏上了反形而上学的道路，并发展出一种经验主义认识论。