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从3种不同发酵周期的果蔬酵素中分离筛选得到15株菌种,通过16S rRNA基因序列、pheS基因和26S rRNA基因序列系统发育学分析,结合表型特征确定其分类学地位。结果表明:从6个月果蔬酵素中分离鉴定出菌种7株,含有2株类干酪乳杆菌(Lactobacillus paracasei)、1株植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum)、2株毛榛毕赤酵母(Pichia manshurica)和2株嗜酒假丝酵母(Candida ethanolica);12个月果蔬酵素中分离出菌种5株,含有2株类干酪乳杆菌、1株短乳杆菌(Lactobacillus brevis)和2株毛榛毕赤酵母;18个月果蔬酵素中分离出酵母3株,均为毛榛毕赤酵母。与目前报道的菌种有异同,为酵素的工业化生产奠定菌种基础。