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农业高校是国家农业科技创新体系的重要组成部分,在国家现代农业发展中起着重要作用。从国家863计划现代农业技术领域项目实施出发,通过对我国4所代表性农业高校863计划项目组织管理现状的比较,分析农业高校在自主创新能力方面存在的不足,并结合国家科技体制改革趋势与要求,提出我国农业高校自主创新能力建设的建议和对策。