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玉米育种者通常都要把自交系划分成几个类群，以便保持通过杂交可获得的高水平杂种优势。以前已有报道，根据60个SSR（简单序列重复）位点估计的遗传相似性，可以从混合有马齿和硬质种质的欧洲杂种的玉米自交系中区分出适合日本寒冷地区的马齿和硬质玉米类群。我们用相同的SSR位点数来评价了一种简易的区分方法。从玉米基因组中分布均一的全部60个SSR位点组中选择两个亚组，即根据马齿和硬质玉米类群间等位基因频率的差异（组1为0．4，组2为0．5）选择出由25个位点构成的亚组1和14个位点构成的亚组2。