【摘 要】
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为深入研究肠道细菌乳糖酶基因多样性,根据NCBI公布的细菌乳糖酶基因[Beta-galactosidase(lac Z)]序列,利用软件Primer Premier 5.0前后设计合成7对通用引物,经过PCR扩增、宏
【机 构】
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湖南中医药大学; 湖南人文科技学院数学与金融学院;
【基金项目】
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国家自然科学基金项目(81573951)资助~~
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为深入研究肠道细菌乳糖酶基因多样性,根据NCBI公布的细菌乳糖酶基因[Beta-galactosidase(lac Z)]序列,利用软件Primer Premier 5.0前后设计合成7对通用引物,经过PCR扩增、宏基因组测序和生物信息学分析进行引物筛选.PCR扩增电泳中,436R、375R、217R和406R四对引物没有扩增出目的片段,436、324和194三对引物均有目的条带扩出.内容物样品扩增,436引物条带最清晰,灵敏性高,324和194引物条带质量相差不大;粘膜样品扩增,324引物均扩增出目的条带,条带清晰明亮.436引物只扩增出一个样品的目的条带,灵敏度较差;194引物扩增杂带多,特异性差.样品序列统计方面,删除宿主序列信息后,内容物样品中,194、324和436三对引物最终序列比例均达98%以上;粘膜样品中,194引物特异性最差,436引物最好,324引物居中.OTU聚类和注释方面,内容物样品中,324引物扩增物种也较436引物多;粘膜样品中,324引物能聚类最多的物种.Alpha多样性方面,内容物样品中,324引物的Chao1、ACE、Simpson、Shannon指数较436引物大,436引物的Simpson、Shannon指数较194引物大;粘膜样品中,324引物的Chao1、ACE、Simpson、Shannon指数均较436引物大.综合分析,对肠道内容物和肠道粘膜细菌乳糖酶基因多样性研究选用324通用引物最佳.
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