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到2009年12月底，《同济大学学报（自然科学版）》在全年编辑出版工作中，严格贯彻国家有关期刊出版的法律法规及各项方针政策，以提高刊登论文的学术水平为目标，圆满完成了各项工作任务，并在数字化网络出版建设等方面有了较大的发展。自然版学报继2008年获“第二届中国高校精品科技期刊奖”、入选“中国300种精品科技期刊”之后，2009年荣获了上海市“期刊编校质量优秀奖”、“中国高校科技期刊优秀编辑质量奖”、华东地区“优秀科技期刊”一等奖。