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水资源的高效和可持续利用依赖于管理体制。塔里木河流域在水资源管理体制上存在着没有形成流域统一管理、相关管理职能分散和缺乏民主参与机制等问题。塔里本河干流与源流，上游与下游、地表水与地下水、水量与水质等都密切联系在一起，整个流域以水为纽带形成了利益共同体，因此实行全流域统一管理是必然的选择。塔里木河流域统一管理体制来源于对现有体制的继承和改造，由塔里木河流域管理局、源流和干流管理局、区域水管理机构，以及公众参与和协商机构——流域管理理事会组成。