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利用微生物及其代谢产物来控制有害生物是生物防治的主要方法之一,目前使用的生防菌株大多来源于培养基筛选。然而由于受到技术的限制,现在能够利用培养法获得的微生物种类不足自然环境中的1%。宏基因组学技术(metagenomic technology)是完全不依赖于人工分离培养直接获得环境中理论上所有微生物基因组信息的一种有效手段,为发掘这些尚不能被纯培养的微生物资源提供了良好的契机。本文综述了宏基因组学的概念、研究策略及其在植物病害生物防治中的应用前景,以期为开发和使用新型植物病害微生物生防菌剂提供思路。