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应用荧光定量PCR技术和显微计数法对玄武湖蓝藻水华进行了长期监测，结果表明，荧光定量PCR法可同步监测蓝藻、微囊藻和有毒微囊藻的数量，及时准确反映玄武湖蓝藻水华优势种群微囊藻和有毒微囊藻的动态变化。与显微计数法相比，具有需要的样品量少、时效性强、检出下限较低、自动化程度高等优势，可有效地应用于蓝藻水华的监测。