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使用JDSU公司的MicroNIR1700型微型近红外光谱仪，研究了适合进行单籽粒玉米单倍体鉴别的光谱测量方法。基于近红外光谱定性分析技术，比较了漫反射和漫透射两种情况下玉米单倍体鉴别的效果。光谱数据经过预处理后，采用PLS＋OLDA特征提取算法，应用SVM建立玉米单倍体鉴别模型，分别统计漫反射和漫透射实验条件下，鉴别模型的正确识别率。在微型光谱仪内置光源漫反射的光谱测量方式下，不分胚面朝向，玉米单倍体籽粒平均识别率低于60％，不能有效鉴别玉米单倍体和多倍体。而采用外置光源对籽粒进行漫透射光谱测量方式，获得了平均正确识别率为93.2％的鉴别效果，并且模型稳定性好。实验结果表明，漫反射光谱仅能获得玉米籽粒表层信息，因此玉米籽粒胚面朝向严重影响漫反射光谱鉴别单倍体种子的效果；而漫透射光谱可以实现分析光程纵深信息全累加，能够得到样品内部的信息，因此对胚面朝向不敏感，能够有效地对随机摆放的玉米单倍体和多倍体进行识别。近红外方法能快速、无损地鉴别单倍体，并且微型光谱仪采集速度快，成本低，为实现实用化的自动鉴别提供了条件。