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本文基于对《杂病医疗百方》、《福乐智慧》、《突厥语大词典》、《回回药方》等的梳理分析，旨在探析在西域伊斯兰化后维吾尔医学的发展格局和特点。认为自喀喇汗王朝或宋代开始，古代维吾尔医学开始经历发展转型，从博采众长、兼容并蓄的发展阶段逐渐过渡到古希腊-阿拉伯医学的回归时期。这种回归，是针对于“古希腊-阿拉伯-维吾尔医学”整个医学体系而言的，但是对于维吾尔医学自身，依然是不断向前发展进步的时期，是在新的文明形态下的转型发展。转型后的维吾尔医学一度呈现医学名家名著繁荣的局面，也在一定程度上塑造了今天所见传统维吾尔医学的模样。