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区域水资源合理配置是实现区域可持续发展与水资源可持续利用的重要调控措施，其关键问题之一就是如何合理、简便地确定各子区域的水资源分配权重。为此，提出用信息论中的最小相对熵原理挖掘区域水资源配置过程中各子区域客观信息与各专家的经验信息，进而确定区域水资源分配权重的一套新方法（MRIEM）。结果表明：用MRIEM确定各子区域水资源分配权重，数学物理概念明确，方法简明、通用，计算结果客观、合理；MRIEM是一种从定性到定量综合集成的组合赋权方法，在系统工程理论与实践中具有一定的推广应用价值。