【摘 要】
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背景与目的:Gasdermin (GSDM)家族由6个重要分子组成,主要负责调控细胞焦亡等多种生物学过程.近来不断有研究表明GSDM家族的表达失调参与多种癌症进程,然而GSDM家族成员在胃癌中的表达、预后、功能和潜在机制研究尚待阐明.本研究旨在通过生物信息学方法系统性的分析GSDM基因家族各成员在胃癌中的作用.方法:使用ONCOMINE、GEPIA2、UALCAN、Kaplan-Meier Plotter、cBioPortal、TIMER 2.0、DiseaseMeth等多个数据库对GSDM家族分子在胃癌
【机 构】
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中南大学湘雅医院病理科,湖南长沙410008;中南大学湘雅医院肝脏外科,湖南长沙410008
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背景与目的:Gasdermin (GSDM)家族由6个重要分子组成,主要负责调控细胞焦亡等多种生物学过程.近来不断有研究表明GSDM家族的表达失调参与多种癌症进程,然而GSDM家族成员在胃癌中的表达、预后、功能和潜在机制研究尚待阐明.本研究旨在通过生物信息学方法系统性的分析GSDM基因家族各成员在胃癌中的作用.方法:使用ONCOMINE、GEPIA2、UALCAN、Kaplan-Meier Plotter、cBioPortal、TIMER 2.0、DiseaseMeth等多个数据库对GSDM家族分子在胃癌患者中的表达差异、预后价值、功能富集、基因改变、免疫浸润相关性、甲基化改变等方面进行了综合分析.结果:GSDM家族中仅DFNA5在胃癌中明显高表达,表达水平较正常组织升高2.479倍.DFNA5在TNM 2、3、4期的表达明显升高,同时在肿瘤分级2、3级的表达明显升高.GSDM家族中仅DFNA5在胃癌中有预后价值,高表达的DFNA5提示较差的总生存期.GSDM家族中GSDMD的基因变异率最高(19％),GSDMA、GSDMB、GSDMC次之(14％),DFNA5 (8％)和PJVK最低(6％).在胃癌中筛选出186个GSDM相关的共表达基因,这些分子可能通过炎症细胞凋亡、趋化因子反应、急性炎症反应相关的信号通路参与胃癌进程.多数GSDM家族成员的表达与CD4+T细胞、CD8+T细胞、B细胞、中性粒细胞、巨噬细胞、树突细胞的浸润存在不同程度的显著正相关,仅PJVK在巨噬细胞和树突细胞浸润中呈负相关.GSDMA、GSDMD在胃癌组织中处于低甲基化水平.结论:GSDM家族成员在胃癌中存在表达及功能紊乱.GSDM家族特别是DFNA5分子可能成为胃癌诊断和预后评估的重要肿瘤标志物,为开发新的胃癌治疗靶点提供思路.
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