刺参（Apostichopus japonicus）EST序列中微卫星分布分析及其标记的筛选

• 作 者: 孙国华 杨建敏 宋志乐 孙孝德 王卫军 张宇
• 机 构: 山东省海洋水产研究所,烟台市芝罘区渔业技术推广站,上海海洋大学水产与生命学院
• 出 处: 海洋与湖沼
• 发表日期: 2010年1期
• 关键词: 刺参 微卫星 表达序列标签 等位基因 Apostichopusjaponicus Microsatellite Expressed sequence tag

利用微卫星查找软件对现已公布的6632条刺参ESTs的数据库中2—6个碱基重复单元组成的简单序列重复进行筛选，进而对其微卫星的丰度和分布进行比较研究。共发现微卫星序列416个，占整个ESTs数据库的6．48％；其中含双碱基重复序列146个，数量最多，占ESTs数据库中发现微卫星序列总数的65_86％；三、四、五、六碱基重复序列分别占微卫星序列总数的26．68％、1．68％、0．24％、5．53％。对含有SSR位点符合微卫星引物设计的EST序列利用Primer软件结合人工方法设计合成引物21对，其中13对有