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农业科研院所办企业经历了艰难曲折的历程，迄今还没有树立一家成功的典型和形成可资借鉴的经验。科研型企业多数是将原有的科研单位一分为二，有些单位称为“一院（所）两体”，院长、所长兼任董事长或总经理，就很难做到“一碗水端平”。国有企业存在的各种问题，科研型企业也都不同程度的存在，这种负重前行的体制导致企业在市场竞争中位居劣势。现代企业管理制度已经逐步深入人心，但农业科研体制及其改革方向依然模糊不清。随着医疗卫生、教育系统体制改革遇到问题并引起激烈争论时，农业科研型企业面临的是“进”还是“退”的问题。