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通过调研20世纪90年代以来国外主流水生态评价项目中采用的生境指标,统计了14个类型生境指标的使用频率,并针对不同的河流类型,筛选出物理形态特征、河岸带状况、生境组成、生境复杂性、人类干扰和水质状况等6个类型的11项评价指标,推荐作为长江流域河流生境评价指标.随后,利用层次分析法对国外水生生物评价指标进行了统计分析,并筛选出11项适用指标.基于中国期刊全文数据库(CNKI),以“长江”“水生生物”“水生态”“健康评价”等为关键词进行了检索,收集了2001年1月1日—2021年1月1日期间的研究文献及数据,从中筛选出水生生物评价指标和评价方法研究相关文献共66篇.基于对国内已开展的大量相关研究的归纳统计,以及对国外水生生物评价指标的适用性筛选结果,结合长江流域不同区域特点,有针对性地归纳提出了各区域推荐采用的水生生物评价指标,共包括3类生物类群(藻类、底栖动物、鱼类)和12项评价指标(Shannon-Wiener指数、Pielou均匀度指数、硅藻生物指数、Margalef丰富度指数、藻类完整性指数、Goodnight指数、科级生物指数、Hilsenhoff生物指数、多变量海洋生物指数、鱼类完整性指数、鱼类保有指数和河口定居性鱼类种类数).