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节水农业国家重大科技专项由科技部、水利部与农业部共同组织实施；前沿与关键技术创新课题由高校与科研单位承担；产品与设备研制由企业主持，与技术依托单位共同承担；技术集成与示范课题由示范区所在省、自治区科技部门主持，示范区所在县、区与技术依托单位共同承担，形成了示范区建设与国家重大节水工程建设相结合的组织新体制。