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从2009年起，卫生部组织对11个省的疾病预防控制机构进行绩效考核，2010年在全国推开。疾控机构绩效考核主要按照卫生部制定的《各级疾病预防控制机构基本职责》和《疾病预防控制工作绩效评估标准》，结合各地实际情况组织实施。其主要目的是对疾病预防控制机构的工作效率与水平、管理能力与成本以及公众满意程度等进行分析、判断与评价，其中，经费考核是评价成本的重要指标，是整个考核的重要组成部分。