浙江省柯萨奇病毒A16 VP1基因特征分析及B细胞抗原表位预测

• 作 者: 徐莉 崔大伟 戴玉柱 王磊 杨先知 谢国良 郑书发 孙长贵
• 机 构: 浙江大学医学院附属第一医院检验科,浙江省临床体外诊断技术研究重点实验室,中国人民解放军第一一七医院检验科
• 出 处: 临床检验杂志
• 发表日期: 2017年1期
• 关键词: 柯萨奇病毒A16 VP1 基因特征 氨基酸变异 B细胞抗原表位 Coxsaekievirus A16 VP1 genetic characteristics
• 基金项目: 国家科技重大专项“传染病监测技术平台”项目（2012ZX10004-210）

目的了解浙江省柯萨奇病毒A16（CA16）VP1基因特征及其变迁规律并预测VP1蛋白上B细胞抗原表位。方法在Gen Bank检索并下载35个浙江省CA16流行株及69个已知基因型CA16参考株的VP1基因序列,使用MEGA 6.0软件进行比对分析和构建种系进化树,确定浙江省CA16流行株的基因型,并分析VP1核苷酸和氨基酸同源性及氨基酸变异;运用DNA Star中的Protean模块预测VP1上可能的线性B淋巴细胞抗原表位。结果浙江省CA16病毒基因型为B1基因型（34株）和A基因型（1株）。B1型中以B