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眼睛的补体系统在正常情况下是持续低强度活化的。膜结合和眼内可溶性补体调节蛋白严格控制着这种自发活化。这使得抗病原体的保护活化不会对自体组织造成损害，也不会引起视力下降。补体系统和补体调节蛋白在自身免疫性葡萄炎中调控着眼内发炎，并在角膜炎、年龄相关性黄斑变性和糖尿病视网膜病变中扮演着举足轻重的角色。大量研究证明补体抑制剂可用于多种眼部疾病的治疗。