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目的了解浙江省德清县农村一般人群隐匿性及实际乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)感染情况及病毒株S基因的分子特征。方法采用多级抽样方法进行横断面调查,在取得调查对象知情同意的基础上采集调查表信息并采血。采用Epidata 3.2软件录入调查表信息,双录入并核对;采用SPSS 18.0软件进行数据分析;对所有样品进行乙型肝炎表面抗原(hepatitis B surface antigen,HBsAg)ELISA检测及病毒载量real-time PCR测定,并对HBsAg检测阳性或病毒载量测定阳性的标本进行后续HBV S基因PCR扩增和测序;采用MEGA 5.0软件对测得序列进行进化分析。结果共调查对象1 720例,调查人群中HBsAg阳性者共162例,隐匿性乙型肝炎病毒感染(occult hepatitis B virus infection,OBI)者共4例,实际HBV感染率为9.65%(166/1 720),OBI感染率为2.57‰(4/1 558)。显性和隐匿性病毒株病毒载量中位数及四分位数范围分别为866(425,12 500)IU/mL和314(216,677.5)IU/mL,前者显著高于后者。HBsAg阳性血清样本扩增得到71株显性病毒株S基因序列,HBsAg阴性血清样本扩增得到4株OBI病毒株S基因序列。OBI病毒株均为C基因型,adrq+血清型。显性HBV病毒株54株为B基因型,其中有2例标本为adw3血清型,其余52例均为adw2血清型;余17株为C基因型,adrq+血清型。OBI病毒株中C基因型的比例显著高于显性HBV病毒株中C基因型的比例。B基因型显性病毒株发生I104F、L109V、I110L、S113T、T126I、P127T、Q129R、M133L、F134L、P135A、T140A、K141I、T143M/S、V159A、Y161F、A166G和R169P突变,C基因型显性病毒株发生I126S、I126T及F158S突变。OBI病毒株发生Q129R、I126T、M133T及F161Y突变。结论浙江省德清县一般人群存在一定比例的OBI感染,OBI感染病毒载量较低,OBI病毒株存在氨基酸突变,C基因型为其可能的优势基因型,需重视OBI预防问题。