hsa-miR-17-92 cluster及其同源体靶基因的生物信息学分析

来源 :中华实用儿科临床杂志 | 被引量 : 0次 | 上传用户:jueduizone
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目的

对hsa-miR-17-92 cluster及其同源体进行系统的生物信息学分析,预测其可能参与的生物学过程,为深入研究其在脂肪细胞分化、肥胖发生等过程中的功能与机制奠定基础。

方法

1.应用PubMed、Google等信息搜索工具查找hsa-miR-17-92 cluster及其同源体的所有研究,综述已有研究进展;2.应用miRBase获取hsa-miR-17-92 cluster及其同源体的各成员序列,并分析其序列特征及保守性;3.应用美国国家生物技术信息中心(NCBI) blast、NCBI mapviewer、基因组生物信息学(UCSC) Browser工具分析hsa-miR-17-92 cluster及其同源体所在基因组的序列特征;4.应用TargetScan5.1,PicTar及miRanda预测hsa-miR-17-92 cluster及其同源体靶基因,取三者预测结果的交集,进一步进行功能注释和Pathway富集分析。

结果

1.现有研究提示hsa-miR-17-92 cluster及其同源体在脂肪细胞分化、肿瘤疾病、心脏及肺发育、免疫系统与血管形成等生物学过程中有重要作用;2.hsa-miR-17-92 cluster及其同源体进化上高度保守,根据种子序列同源性可分为4类,且在多物种间非常保守;3.hsa-miR-17-92 cluster及其同源体预测靶基因的功能与细胞周期、细胞黏附、Wnt、TGF-β信号、p53、丝裂原活化蛋白激酶等信号通路有较大的相关性,可能参与了前列腺癌、胰腺癌、结肠癌等多种疾病通路。

结论

通过对hsa-miR-17-92 cluster及其同源体系统的生物信息学分析,初步阐明了hsa-miR-17-92 cluster及其同源体的基本生物学特征,并为hsa-miR-17-92 cluster后续研究提供了功能与机制的线索。

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