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为了研究长江口区域排污对河口水源地水质的影响，建立了包含长江口、杭州湾在内的平面三维水动力和水质耦合数学模型。利用长江口近年实测水文、水质资料对模型进行全面率定和验证，率定结果同实测资料比较吻合，表明该模型较好地反映了长江口水域流场和水质的特征。利用模型预测分析了典型水文条件下长江口主要污染物浓度的时空分布规律，明确了主要排污源对青草沙水源地和陈行水源地的水质贡献率。依据上述研究结论，提出了保护长江口水源地水质安全的对策措施。