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目的阐明济南市手足口病肠道病毒病原谱的构成及变化,探索不同肠道病毒类型的流行特征。方法收集2012年1月~2017年12月济南市手足口病标本4 929例,采用实时荧光定量逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)方法检测EV-A71、柯萨奇病毒A组16型(CV-A16)、柯萨奇病毒A组6型(CV-A6)和柯萨奇病毒A组10型(CV-A10);对肠道病毒通用(PE)阳性而未明确分型标本采用巢式RT-PCR方法,扩增肠道病毒5′-非翻译区(5′-UTR),经核苷酸序列测定明确肠道病毒类型。结果 4 929例标本中共检出27种肠道病毒类型,除EV-A71、CV-A16、CV-A6和CV-A10外,柯萨奇病毒A组(CV-A2、4、5、9、12、13、21、22、24)、柯萨奇病毒B组(CV-B1~5)、埃可病毒(E3、6、7、9、11、18、24、25、30)均有检出。轻型病例肠道病毒感染率居前4位的是CV-A16(29.03%)、EV-A71(25.67%)、CV-A6(17.58%)和CV-A10(3.10%),重症病例为EV-A71(77.64%)、CV-A16(5.59%)、CV-A6(1.86%)和CV-A10(1.24%)。CV-A6和CV-A10感染者的发病年龄较EV-A71和CV-A16感染者略小,分别为(3.02±2.43)岁、(2.87±1.67)岁、(3.29±2.34)岁和(3.36±2.18)岁,差异有统计学意义(F=3.659,P=0.003)。流行季节研究显示,EV-A71和CV-A16发病高峰为第2或4季度,CV-A6好发于6~12月份,CV-A10病例6~8月份发病较多。平阴县和章丘区肠道病毒阳性检出率较高,分别为93.49%和91.99%。结论济南市手足口病肠道病毒谱以EV-A71、CV-A16、CV-A6和CV-A10为优势型别,27种肠道病毒共存。常年监测非EV-A71非CV-A16肠道病毒的流行特征,及时掌握肠道病毒谱变化,有助于及时完善手足口病疫情的防控措施。