融合粒子群优化和遗传算法的基因调控网络构建

• 作 者: 孟军 史贯丽
• 机 构: 大连理工大学计算机科学与技术学院
• 出 处: 计算机应用
• 发表日期: 2016年11期
• 关键词: 基因调控网络 粒子群优化 遗传算法 粗糙集 特征选择 gene regulatory network Particle Swarm Optimization （

MicroRNA(miRNA)是一类大小为21~25 nt的内源性非编码小核糖核酸(RNA),通过与mRNA的3’-UTR互补结合,导致mRNA降解或翻译抑制来调控编码基因的表达。为了提高构建基因调控网络的准确度,提出一种基于粗糙集、融合粒子群(PSO)和遗传算法(GA)的基因调控网络构建方法(PSO-GA-RS)。该方法首先通过对序列信息进行特征提取;然后采用粗糙集的依赖度作为适应度函数,融合粒子群和遗传算法选出较优的特征子集;最后使用支持向量机(SVM)建立模型,预测未知的调控关系。在拟南芥数据