一个分布式的短序列匹配系统

• 作 者: 曾劲 张家琪 何震瀛
• 机 构: 复旦大学计算机科学技术学院
• 出 处: 计算机研究与发展
• 发表日期: 2011年S3期
• 关键词: 分布式计算 网络通信 内存管理 多线程并发 cloud computingnetwork communicationmemory managementmulti
• 基金项目: 科技重大专项基金项目(2010ZX01042-003-004),国家自然科学基金项目(60703093,61033010,61073001),国家“八六三”高技术研究发展计划基金项目(2009AA062803),上海市科委现代服务业专项基金项目(10dz1511000)

CloudBurst是在MapReduce框架下实现的一种并行的序列匹配算法,旨在更快地处理由下一代DNA测序仪得到的大量的序列数据在参考基因序列上的匹配问题.然而,受限于开源的Hadoop实现框架,CloudBurst未能很好地解决负载平衡的问题,也无法在Map的同时开始Reduce的工作,造成计算资源的浪费.为此,提出了一个新的分布式短序列匹配系统D-RMAP,可以很好地解决CloudBurst的这2个问题.