【摘 要】
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[目的]为了探究短杆菌属对海洋环境的适应机制.[方法]本研究通过对6株分离自不同洋区、属于不同分类单元的短杆菌菌株进行测序、拼接和注释,结合23株从美国国家生物技术信息中心(NCBI)下载的短杆菌属模式菌株及非模式菌株的基因组数据,进行泛基因组学分析和物种进化分析.[结果]泛基因组学分析表明短杆菌属具有开放型泛基因组,这与该属生存环境多样性特征相符合.海洋来源的短杆菌与其他生境来源的短杆菌在基因组水平上表现出明显的差异性,主要是进化过程中的基因家族扩增收缩、转运蛋白家族、代谢通路和CRISPR等方面的差异
【机 构】
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自然资源部第三海洋研究所海洋生物遗传资源重点实验室,福建厦门361005
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[目的]为了探究短杆菌属对海洋环境的适应机制.[方法]本研究通过对6株分离自不同洋区、属于不同分类单元的短杆菌菌株进行测序、拼接和注释,结合23株从美国国家生物技术信息中心(NCBI)下载的短杆菌属模式菌株及非模式菌株的基因组数据,进行泛基因组学分析和物种进化分析.[结果]泛基因组学分析表明短杆菌属具有开放型泛基因组,这与该属生存环境多样性特征相符合.海洋来源的短杆菌与其他生境来源的短杆菌在基因组水平上表现出明显的差异性,主要是进化过程中的基因家族扩增收缩、转运蛋白家族、代谢通路和CRISPR等方面的差异.[结论]通过基因组水平上的差异初步揭示了海洋来源短杆菌对海洋环境的适应性,为深入了解短杆菌菌株的环境适应机制奠定了基础.
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