羊口疮病毒单抗可变区氨基酸序列及同源建模分析

• 作 者: 张雪 谭强 赵文博 段旭阳 冯振月 马金柱 崔玉
• 机 构: 黑龙江八一农垦大学生命科学技术学院
• 出 处: 中国兽医学报
• 发表日期: 2004年期
• 关键词: 羊口疮病毒 单克隆抗体 可变区 基因克隆 序列分析 同源建模
• 基金项目: 国家自然科学基金资助项目(31172353);黑龙江省教育科学“十二五”规划项目(GBC1212060);黑龙江省自然科学基金资助项目(C2017052)

为了解羊口疮病毒(Orf virus,ORFV)单克隆抗体2E4的抗体可变区的分子特征,选择其轻链和重链可变区基因分别进行体外扩增和测序,并通过IgBLAST程序分析(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/igblast/),确定了2E4抗体可变区的互补决定区(complementarity determining regions,CDRs)和骨架区(framework regions,FRs)氨基酸结构。继而,采用SWISS-MODEL同源建模方法,展示抗体分子轻、重链可变区的三维空间构型,并推测出可能的ORFV B细胞抗原表位多肽结合部位(pocket)。目的基因测序结果显示:2E4轻链可变区(VL)基因扩增全长为324bp,编码108个氨基酸;2E4重链可变区(VH)基因扩增全长为345bp,编码115个氨基酸。IgBLAST结果显示:轻链与GenBank公布的GHP53(GI:197494)单抗轻链可变区序列基因序列一致性达到97.6%;重链与VHSAF34(GI:215263227)单抗重链可变区基因序列一致性达到98.6%。并且,2E4轻链CDRs(CDR1-CDR3)分别位于25~34aa、52~54aa和91~98aa的序列位置;重链CDRs(CDR1-CDR3)分别位于25~32aa、50~57aa和96~104aa的序列位置。同源建模分析结果显示:这些CDRs区域共同形成的"pocket"极可能作为抗原表位多肽结合的位点。最终成功克隆2E4单抗可变区基因,分析了抗体轻、重链可变区CDRs构成形式,模拟了其空间构型,为进一步了解和验证"CDRs-表位"特异性结合的分子机制,并在Orf免疫保护中加以应用提供了可能。