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在对Prüfer编码研究的基础上,提出了一种基于基因表达式程序设计的多层物流网络Prüfer编码优化算法(GEPPCOA)。该算法一方面利用基因表达式程序设计的多基因结构特点,克服了传统演化算法中不能直接用个体表示多层物流模式的缺点;另一方面还对基因表达式程序设计原有的操作算子进行了针对Prüfer编码的改进。实验结果表明,使用GEPPCOA求解多层物流网络的Prüfer编码优化问题时,其各项支出费用性能指标均要好于传统的演化算法,提高了算法的收敛精度。