【摘 要】
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全基因组关联研究是研究复杂疾病和性状遗传效应的一种有效手段.现有关联分析主要用的是边缘统计检验的方法,但未考虑特征间相关性、阈值选取不稳定等问题.该文以心脑血管疾
【机 构】
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中国科学院深圳先进技术研究院 深圳 518055;深圳大学 深圳 518061
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全基因组关联研究是研究复杂疾病和性状遗传效应的一种有效手段.现有关联分析主要用的是边缘统计检验的方法,但未考虑特征间相关性、阈值选取不稳定等问题.该文以心脑血管疾病为研究对象,提出了一种基于多步筛选法的全基因组关联分析新方法.该方法可以简要概括为以下两步:首先利用Gini指数做特征初始筛选,获得一个候选单核苷酸多态性子集,再用基于随机森林的递归聚类消除法从单核苷酸多态性子集中发现关联单核苷酸多态性.实验结果表明,多步筛选法比单步特征选择的效果更好,基于Gini指数的基于随机森林的递归聚类消除法筛选的单核苷酸多态性子集与疾病的关联性更高.
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