【摘 要】
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目的:对一株地层水分离的石油降解菌Ochrobactrum intermedium 2745-2进行生理生化特性的研究、全基因组测序以及比较基因组研究。创新点:首次对一株分离自地层水的石油降解
【机 构】
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Key Laboratory of Marine Reservoir Evolution and Hydrocarbon Accumulation Mechanism,School of Energy
【出 处】
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Journal of Zhejiang University-Science B(Biomedicine & Biote
【基金项目】
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supported by the National High-Tech R&D Program(863)of China(No.2013AA064402);the National Natural Science Foundation of China(Nos.81301461 and 51474034);the Zhejiang Provincial Natural Science Foun
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目的:对一株地层水分离的石油降解菌Ochrobactrum intermedium 2745-2进行生理生化特性的研究、全基因组测序以及比较基因组研究。创新点:首次对一株分离自地层水的石油降解菌O.intermedium 2745-2进行了生理生化特性研究以及基因组测序,从基因组角度解释菌株2745-2对石油的降解能力。通过菌株2745-2与同种其他临床分离菌株的比较基因组学分析,表明2745-2仍具有多种与致病性相关的基因。方法:通过微生物富集培养的方法从油井的地层水中分离石油降解微生物,通过聚合酶链反应(PCR)扩增16S核糖体RNA(r RNA)序列进行比较和分析确定菌株的分类地位属于O.intermedium(图1)。采用Illumina Hi Seq2000对菌株2745-2进行高通量测序,采用Velvet 1.2.07和RAST server分别进行数据组装和注释(表1)。PHAST寻找基因组中的噬菌体相关序列(图4和表2)。通过BLAST+和BRIG对环境分离菌株(2745-2)和临床分离菌株(M86、229E和LMG3301T)进行基因组比较(表3、表4和图5)。结论:首次对一株环境分离的O.intermedium(2745-2)进行全基因组测序,揭示具有多种与石油降解相关的基因。通过环境分离菌株(2745-2)与临床分离菌株(M86,229E和LMG3301T)的基因组比较分析,表明2745-2仍具有多种致病性相关的基因。
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