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水质的好坏是决定育苗成败和出苗率高低的关键因素。水质问题包括水温、盐度、溶氧量，pH值的调控，消除或降低水体中超标重金属离子，有毒物质以及清除水体中的敌害生物等。过去常用处理水质的方法是采用沉淀、沙过滤、添换水、充气以及投入乙二胺四乙酸二钠（EDTA-2Na），有的采用含氯类药物进行海水消毒等方法，效果均不理想，未能有效解决育苗水质问题，甚至用甲醛消毒的单一方法也不能解决根本问题，而且常产生副作用，达不到预期效果。