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针对电商物流配送中心选址难以优化,导致配送成本过高、配送效率低的问题,提出一种改进原子算法的电商物流配送中心选址模型。针对基本原子算法易早熟收敛而陷入局部最优、局部收敛精度不高的问题,通过提出一种非线性控制因子对算法进行改进,提高算法的收敛精度,同时引入正弦混沌搜索策略来帮助算法跳出局部最优。最后将改进后的原子算法对电商物流配送中心选址模型进行优化。实验结果表明:优化后的选址模型有效地节约了配送成本,提高了配送效率,增加了电商企业的效益。