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利用ISSR分子标记技术对17份菠萝种质进行了基因组DNA多态性分析.从62个ISSR引物中筛选出6个多态性引物用于PCR扩增,共扩增出70条DNA条带,其中多态性条带44条,所占比例为62.86%,平均每个引物扩增的DNA条带的数目为11.67条.6个品种具有特异性的扩增带,可作为种质鉴定的依据.根据ISSR扩增结果建立的UPGMA聚类图,在距离系数约0.1处可把供试的17份菠萝种质分为3大类.同时对供试品种的遗传关系进行了探讨